El FOGADE fue creado en 2001, mediante la Ley No. 371, “Ley de Garantía de Depósitos en Instituciones del Sistema Financiero”, que fue derogada en 2005 con la aprobación de la Ley No. 551 “Ley del Sistema Garantía de Depósitos”, en la cual se le otorgaron nuevas atribuciones. Además de ser el asegurador de los depósitos, pasó también a ser responsable por la intervención, saneamiento y reestructuración, y liquidación de una institución miembro que deba salir del Sistema Financiero.

El Sistema de Garantía de Depósitos está conformado por todas las entidades financieras presentes en el territorio nacional, incluyendo las sucursales de bancos extranjeros, autorizadas para operar por la Superintendencia de Bancos y Otras Instituciones Financieras para captar dinero del público bajo la figura del depósito.